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Au début de l’époque ptolémaïque, la Thébaïde constitue un ensemble original tant géographiquement que structurellement : elle s’étend de Syène à Lykopolis et est administrée comme un nome depuis Thèbes qui est sa métropole, avec un stratège et un nomarque (thébarque) établis à sa tête. Le règne des Lagides est marqué par une normalisation de cette administration, qui s’effectue au rythme des troubles politiques (sécession de 206-186, guerre civile de 132-124, révolte thébaine de 88-85) ; au Ier siècle et suite à des évolutions successives, le nome canonique est redevenu l’unité territoriale de base de l’administration thébaïque. Cette restructuration ne peut être comprise qu’au regard de l’histoire de la région dans les derniers siècles de l’époque pharaonique : les Lagides ont hérité d’une désorganisation née de la Troisième Période intermédiaire et de la Basse Époque, au cours desquelles les temples ont occupé une place prépondérante dans le gouvernement méridional, se substituant souvent à un pouvoir central défaillant. Les souverains grecs se sont appuyés sur ces institutions religieuses pour installer leur administration en Thébaïde, suivant en cela la tradition égyptienne ; les constructions religieuses, nombreuses dans le sud, sont à mettre en parallèle à cet effort d’ « administralisation ».